Data/hora: 08/05/2024 23:34:41

Biblioteca(s): | Embrapa Agricultura Digital.
Data corrente: | 28/01/2011
Data da última atualização: | 13/04/2011
Autoria: | HIGA, R. H.
Afiliação: | ROBERTO HIROSHI HIGA, CNPTIA.
Título: | Upload/GenBank/Chado. Versão 1.0.
Ano de publicação: | 2010
Fonte/Imprenta: | Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2010.
Descrição Física: | 1 CD-ROM.
Idioma: | Português
Conteúdo: | O pacote bioperl (http://www.bioperl.org/wiki/Main_Page) fornece um script, chamado bp_genbank2gff3.pl que converte arquivos em formato GeneBank (GBK) para GFF3. Contudo, este script não permite que, a partir de um arquivo centrado em contigs, que é o padrão para arquivos GBK, seja gerado um arquivo GFF3 centrado no cromossomo. Este pacote contorna o problema apresentado acima, disponibilizando 2 scripts Python para utilização em conjunto com o script bp_genbank2gff3.pl. A solução apresentada foi desenvolvida no escopo do projeto Rede Genômica Animal, mas pode ser utilizada por qualquer projeto que precise gerar arquivos GFF3 a partir de arquivos GBK, por exemplo para inserção no esquema de banco de dados Chado (http://gmod.org/wiki/Overview#Chado_and_BioSQL) e utilização do  genome browser GBrowse (http://gmod.org/wiki/GBrowse).
Palavras-Chave: | Arquivo GFF3; Conversão de arquivos; Projeto Rede Genômica Animal; Software.
Categoria do assunto: | X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia
Registro original: | Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA)
Exemplares: | CNPTIA - (15505-1) - UMT - SW - CD - GENBANK_CHADO1.0 -  - 2011.00079 - DIS